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全自動超純水機反滲透膜污染是影響反滲透系統工作效率和使用壽命的一個重要因素。一般反滲透膜的使用壽命在2-3年，而正確的反滲透膜清洗技術可以使膜的使用壽命在原來的基礎上延長1-2年。因此，當反滲透系統參數出現如下變化時，應及時進行反滲透膜清洗處理。
全自動超純水機膜污染通常是指溶液中的溶質、膜以及溶劑相互作用而產生的一些復雜現象，主要包括膜面污堵、化學破壞以及細菌生長幾種情況。
全自動超純水機膜物理清洗方法
(1)水力方法：降低操作壓力，提高料液循環量對膜面進行較長時間的沖刷，以去除附著于膜面的污染物，有利于提高通量。這種方法最簡單，但這處理過的膜，通量恢復值較低，經短期運轉后透水性能再次快速下降。
( 2)氣-液脈沖：往膜過濾裝置間隙通入高壓氣體(空氣或氮氣)形成氣-液脈沖，氣體脈沖使膜上的孔道膨脹，從而使污染物能被液體沖走。這種處理方法較簡單，對于初期受有機物污染的納濾膜是有效的。
(3)保護液浸泡：在MPS-44納濾膜分離林可霉素(又稱潔霉素)廢水的實驗中發現，當用保護液浸泡受到嚴重污染的MPS-44納濾膜4天以上、并經酸和堿液清洗時，膜的通量基本能完全恢復。這可能是保護液中的化學物質與嵌于膜內的殘留污染物之間存在相互作用，從而疏通了水通過膜的通道。只是該法耗時太長，膜的有效利用時間縮短。
清洗后的納濾裝置壓差、出水流量、膜透過率都恢復到了正常范圍。此時，出水水質得到了提高，全自動超純水機膜通量恢復到了正常的20L/(m2·h)，達到了清洗目的。
